La CRPN gère un régime de retraite, complémentaire aux régimes de base des salariés, de nature réglementaire, obligatoire et autonome, qui fonctionne par répartition. Elle gère quatre fonds : le Fonds de retraite attribuant des pensions et bonifications aux anciens navigants et à leurs ayants droit. le Fonds de majoration attribuant des majorations temporaires et une prestation temporaire versée après les droits à l’assurance chômage. le Fonds d’assurance attribuant des indemnités en capital, en cas de décès en accident aérien ou reconnu imputable au service aérien et en cas d’inaptitude permanente (liée à une cessation d’activité relevant de la CRPN) avec imputabilité au service aérien. le Fonds social attribuant des secours aux participants ou à leurs ayants droit, après avis d’une commission. Les règles de fonctionnement découlent essentiellement des textes législatifs et réglementaires contenus dans le Code des transports.